Náboženství a víra v té době byly veřejnou záležitostí a politika se s náboženstvím navzájem prolínaly a často splývaly. Poprava na Staroměstském náměstí byla jednak politickou záležitostí, jak to chtěl císař Ferdinand II. takto manifestovat před světem, ve skutečnosti šlo i o náboženské záležitosti.
Poprava se vyznačovala nebývale hrůznou podobou a těžko představitelnou krutostí i vzhledem k násilným zvyklostem té doby. Ideové zdůvodnění této mimořádné krutosti je vyjádřeno v kázání kapucína P. Sabina, který byl dvorním kazatelem Ferdinanda II. a který nabádal panovníka ke krutému potrestání svých poddaných a nemilosrdnému jednání s těmi, kteří proti němu povstali.
Stavovské povstání, které bylo poraženo v bitvě na Bílé hoře, nacházelo myšlenkové zdůvodnění v možnosti povstat na odpor proti panovníkovi, který nedodržuje právo a jedná jako tyran. Oprávnění boje za obranu politické a náboženské svobody mělo zdroje v politické teologii kalvinismu. Toto téma spravedlivé vlády a možnosti sesazení panovníka bylo diskutováno i na pražské univerzitě. V českém prostředí byla též přítomna zkušenost a tradice obranného boje v husitské době. Vedle toho však zde existovalo zásadní odmítání použití násilí jako původní bratrský motiv určovaný myšlenkami Petra Chelčického. Ten lze vidět i v postoji muže širokého politického rozhledu – bratrského šlechtice Karla Staršího ze Žerotína, který se nepřipojil k povstání proti císaři. Tento postoj Karlu Staršímu ze Žerotína nevyčítal Jan Amos Komenský, který později u něho nalezl dočasnou ochranu, jako i další bratrští kněží.
Svědectví o popravě a statečném chování představitelů stavovského odboje popisuje spis, který vydal v roce 1631 v exilu Jan Rosacius Hořovský, utrakvistický kněz, který jako jeden z kněží poskytoval odsouzeným duchovní posilu a doprovázel je na popraviště. Tento spis s názvem „Koruna neuvadlá českých mučedníků božích“ užívá a cituje z něho Jan Amos Komenský v „Historii o těžkých protivenstvích církve české“. Komenský shromažďoval svědectví o pronásledování křesťanů v Čechách v době starší i v době pobělohorské. Značnou část tohoto spisu tvoří právě událost popravy na Staroměstském náměstí. Komenský věnuje podrobně pozornost jednotlivým osobnostem. Oba spisy jsou dostupné také v současné češtině.
Představitelé stavovského odboje, jak vyšší šlechtici, tak i nižší šlechtici rytířského stavu a měšťané jsou v dobových svědectvích ukázáni jako věřící lidé, kteří se zamýšleli nad porážkou ve vztahu k Božím záměrům a kteří přijímali rozsudek smrti jako podíl na utrpení pro Krista a dobro vlasti. Bylo jim umožněno trávit poslední chvíle života se svými kněžími – utrakvistickými a luterskými, českými i německými. Služebníkům Jednoty bratrské to povoleno nebylo, ačkoli řada z odsouzených náležela právě k Jednotě bratrské. Někteří z nich přijali službu druhých duchovních. Utrakvističtí a luterští evangeličtí kněží odsouzené posilovali kázáním, modlitbami, rozhovory, zpovědí i svátostí Kristovy večeře vysluhovanou podobojí. Novoměstským měšťanům byl nablízku jejich kněz Adam Klemens, správce kostela sv. Václava na Zderaze. Václav z Budova a Jindřich Otta svátost večeře Páně nepřijímali z důvodu, že neměli své bratrské kněze. Přijali odpuštění hříchů a posilovalo je Kristovo slovo o jeho milosti. Také jediný římský katolík Diviš Černín z Chudenic, v mládí utrakvista, nepřistoupil k přijímání podobojí a když probíhalo, o samotě se modlil. Doufal do poslední chvíle v milost císaře, které se mu však nedostalo.
Odsouzené, patřící k reformačním konfesím, navštěvovali také jezuité, kteří je chtěli přimět k návratu do římskokatolické církve, oni to však odmítali. Duchovní povzbuzení jim přinášely žalmy (Ž 16; Ž 37,5; Ž 86 a další) i společný zpěv písní. Z oken Staroměstské radnice, kde byli vězněni, zpívali píseň „Křesťané, pravdy Boží praví milovníci, pro Kristovo učení násilí trpící…“. Tuto píseň nacházíme ve starých husitských a bratrských kancionálech a v Evangelickém zpěvníku vydaném v roce 1979 pod č. 486. Kázání, které pronesl na Staroměstské radnici k odsouzeným před jejich popravou kněz podobojí Jan Rosacius Hořovský, vycházelo z textu knihy Zjevení Janovo: „Blahoslavení mrtví, kteří od této chvíle umírají v Pánu…“ (Zj 14,13).
Poprava na Staroměstském náměstí představuje zásadní politickou a náboženskou změnu v Českých zemích ve snaze posílit moc panovníka na úkor práv stavů a prosadit jediné římskokatolické náboženství. Předbělohorské období představovalo konfesní různost danou proudy a tradicí domácí české reformace – utrakvisty a Jednotou bratrskou i pronikáním protestantských konfesí ze zahraničí – luterství a kalvinismu. České země se tak na dlouhou dobu uzavřely vývoji probíhajícímu v protestantské části Evropy a ztratily značnou část elity národa, která odešla do exilu – vyhnanství z politických a náboženských důvodů. K římskokatolickému vyznání byli lidé nuceni násilím a byl tak přerušen domácí reformační vývoj trvající dvě stě let od doby Husovy.
I když se události minulosti nedají posuzovat našimi hledisky pro jejich časovou vzdálenost a jinou mentalitu, přesto je možné je posuzovat hledisky křesťanskými – měřítkem a normou Ježíšova evangelia. Jedná se o kritérium v každé době, zvláště té, která se ke křesťanství hlásí a proklamuje jeho hodnoty. Události popravy na Staroměstském náměstí dokládají dobový náboženský fanatismus, který nerespektuje názory druhých, jejich svobodu a nemá v posledu úctu ani k lidskému životu. Krutost a hrůza takového jednání zcela odporuje křesťanským zásadám a postojům vyjádřených v Ježíšově učení lásky k Bohu a člověku. K náboženství a k víře nelze nikoho nutit násilím, neboť se jedná o svobodu člověka, který se má samostatně rozhodovat pro cestu k Bohu. V Církvi československé husitské jsou popravení představitelé stavovského odboje na Staroměstském náměstí považováni za mučedníky, kteří položili své životy pro víru v Krista, hodnotu svobody a svoji vlast.
Červen L. P. 2021