Základní jednotkou je náboženská obec. Náboženské obce jsou sdruženy do vikariátů a vikariáty do diecézí.
Církev československá husitská působí v České republice a ve Slovenské replikace a je členěna do šesti diecézí – v Praze, Plzni, Hradci Králové, Brně, Olomouci a Bratislavě.
V čele náboženské obce je rada starších a farář, v čele diecéze je biskup a diecézní rada, v čele celku církve je patriarcha a ústřední rada.
Biskup a patriarcha jsou voleni na sedm let. Laičtí zástupci do rady starších, diecézní rady a ústřední rady na šest let. Volba může být opakována.
Nejvyšším orgánem je sněm, který schvaluje hlavní dokumenty (ústava, normy věroučné a liturgické) a volí patriarchu.
Organizaci a uspořádání popisuje Ústava CČSH, na kterou navazují další řády.
Náboženská obec (NO) je základní organizační jednotkou Církve československé husitské. Má vlastní právní subjektivitu a je tvořena členy církve, zpravidla majícími bydliště v územním obvodu NO, a duchovními a kazateli, ustanovenými v náboženské obci. Nejvyšším orgánem NO je shromáždění náboženské obce, tvořené všemi zletilými členy NO. Shromáždění NO volí radu starších a další orgány náboženské obce. Náboženské obce, mající sídlo na určitém území státu, určeném církevním sněmem, tvoří diecézi.
V rámci diecéze jsou náboženské obce rozděleny do vikariátů. Vikariáty jsou organizační jednotky charakteru bez právní subjektivity. V jejich čele stojí vikáři, kteří pomáhají biskupům ve vedení duchovní správy. Duchovní v rámci vikariátu se pravidelně scházejí, věnují se teologické práci, projednávají záležitosti diecéze a navrhují diecézní radě řešení. Zpravidla jednou ročně se schází vikariátní shromáždění, jehož se účastní i další členové náboženských obcí vikariátu a má především pastorační charakter. Během volebního řízení na biskupy a patriarchu probíhá na vikariátních shromážděních vyhledávání vhodných kandidátů.
Radu starších volí ze svých řad na šestileté funkční období shromáždění náboženské obce. To je tvořeno všemi zletilými členy církve, zapsanými v seznamu náboženské obce. Rada starších je správním a výkonným orgánem náboženské obce, která je samostatnou právnickou osobou. Kromě faráře má nejméně tři další členy – laiky. Statutárními zástupci náboženské obce jsou předseda rady starších, farář a finanční zpravodaj.
Farář je duchovní s kněžským svěcením, který zajišťuje duchovní správu náboženské obce. Předpokladem pro kněžské svěcení je absolvování magisterského teologického studia. Farář udílí svátost křtu, pokání, večeře Páně, manželství a útěchy nemocných. Faráři jsou ve služebním poměru k Církvi československé husitské, který se řídí platnými řády církve (Ústava, Řád duchovenské služby). Na duchovní správě se dále podílejí jáhni, kazatelé, katecheté a pastorační asistenti.
Biskup je duchovním správcem diecéze. Je volen diecézním shromážděním na období sedmi let. Podmínkou ke zvolení je kněžské svěcení a minimálně deset let aktivní služby v náboženské obci. Do své funkce může být volen i opakovaně. Biskup vykonává pastýřskou péči vůči duchovním své diecéze, udílí svátost biřmování a po předchozím souhlasu ústřední rady svátost svěcení kněžstva. Je předsedou diecézní rady.
Diecézní rada je správním, výkonným a dozorčím orgánem diecéze. Předsedou diecézní rady je biskup. Dalších osm až dvanáct členů diecézní rady volí na šest let diecézní shromáždění (faráři a laičtí zástupci ze všech náboženských obcí diecéze). Alespoň polovina členů diecézní rady musí být laici. Statutárními zástupci diecéze jsou biskup, místopředseda diecézní rady a finanční zpravodaj – obě posledně jmenované funkce mohou zastávat pouze laici.
Patriarcha je duchovním správcem celé církve. Je volen ve zvláštním zasedání sněmu na období sedmi let. Podmínky ke zvolení jsou obdobné jako u funkce biskupa. S vědomím příslušných biskupů a při zachování jejich plných pravomocí vykonává patriarcha v církvi pastýřskou péči obdobnou pastýřské péči biskupské, předepsaným způsobem zřizuje zvolené biskupy a uvádí je do funkce. Patriarcha je předsedou ústřední rady, svolává generální synodu duchovních, církevní zastupitelstvo a sněm.
Ústřední rada je správním, výkonným a dozorčím orgánem celku církve. Předsedou ústřední rady je patriarcha. Dalšími členy ústřední rady jsou biskupové a jeden až dva laičtí zástupci diecézí (podle velikosti diecéze), volení na šest let diecézním shromážděním. Členem ústřední rady je rovněž zástupce Husitské teologické fakulty UK, který je knězem CČSH. Statutárními zástupci jsou vedle patriarchy místopředseda ústřední rady a finanční zpravodaj – oba laici.
Sněm je zákonodárným shromážděním církve. Přísluší mu schvalovat Ústavu církve a její změny, nauku církve a další věroučné dokumenty, Bohoslužebný řád, Kárný řád a zásady řádů duchovní péče. Členy sněmu jsou faráři a laičtí zástupci ze všech náboženských obcí, členové církevního zastupitelstva, diecézních rad a ústřední rady a učitelé Husitské teologické fakulty UK, kteří jsou členy církve. Sněm svolává dle potřeby (nejméně jednou za deset let) a řídí patriarcha, sněm může jednat i ve více zasedáních.
