Z hlediska dalšího životního putování bylo období studií a kazatelské a učitelské působení Jana Amose Komenského na Moravě téměř idylické. Pro Komenského však nastalo období těžkých zkoušek. Do jeho života bolestně zasáhly události třicetileté války – zdrcující porážka stavů v bitvě na Bílé hoře v roce 1620 a následně politické a náboženské změny, kdy bylo v Českých zemích pod vládou Habsburků povoleno pouze římskokatolické vyznání.
Šlechtici a měšťané, kteří se hlásili k utrakvismu, luterství a Jednotě bratrské, se museli buď svého vyznání vzdát a přestoupit ke katolictví, nebo odcházeli do exilu. Byla to doba pustošení země, nepokojů, pronásledování i šířících se nakažlivých nemocí, kterým podlehli i Komenského nejbližší. Z té doby pocházejí tzv. útěšné spisy, kterými Komenský reagoval na tíživou a kritickou situaci a snažil se jimi sebe i druhé povzbudit a posílit.
V těchto spisech se vyskytuje motiv „útěku ze světa“. S tímto motivem „oddělení se od světa a vzdálení se mu“ se setkáváme v mnišské spiritualitě, středověké asketické mystice, ale nacházíme jej i v české reformaci u Jana Husa nebo také v Jednotě bratrské v jejím počátečním období, kdy se Bratři uchylovali na opuštěné místo v Kunvaldu a oddělovali se od tehdejší společnosti a její kultury a života. Pohled na svět jako na bezvýchodný labyrint se u Komenského vyskytuje v jeho stejnojmenném spise. Slovo „svět“ již pro Komenského nepředstavuje velkolepý celek, harmonii, ale ukazuje naopak strašnou šklebivou tvář. Takto vylíčil svět protestantský teolog, filozof a básník Valentin Andreae, který Komenského ovlivnil při tvorbě spisu „Labyrint světa a ráje srdce“, zvláště spisem „Bloudění cizince ve vlasti“. Všecko je ve světě jiné, než jak se podává a zdá. U Andreae a Komenského je svět něčím záporným, neschopným pravdy. Proto je též cesta poutníka světem bludnou poutí labyrintem bez řádu a cíle V Komenského Labyrintu se vyskytuje motiv útěku ze světa: „Já ani se na to dívati, ani bolesti srdce déle snášeti nemoha, prchl jsem: na poušť někam, anebo raději, kdy možné bylo, z světa ven utéci chtěje“. Podobný motiv negace světa je i ve spise „Výhost světu“, který Komenský napsal později, zřejmě v letech 1632-1633, když prožíval velké zklamání a duševní deprese po neúspěchu švédsko-saské koalice. Svět v tomto spise není viděn jako dobré stvoření, které vzešlo z rukou Stvořitele, ale podle novozákonního janovského písemnictví jako „svět, který ve zlém leží“ (Bible kralická 1 J 5,19).
Z pohledu psychologa trpěl Komenský depresemi. Ze stavů dosti těžké deprese se vymanil v roce 1623 a 1624, kdy zvolil jako určitý terapeutický prostředek zvýšenou a vystupňovanou duševní aktivitu, k níž byl ovšem také psychicky disponován. Duševní krize byla pro něho impulsem k literární tvorbě. U Komenského se nejednalo jen o duševní stav, ale o hlubokou duchovní zkušenost.
Komenský zpětně v dopise Petru Montanovi z Amsterdamu z roku 1661 podává své osobní svědectví o zkouškách a krizích, které prožíval v roce 1623. Toto svědectví nám umožňuje nahlédnout do hloubky nitra a zvlášť silných zápasů Komenského, kdy prožíval bezvýchodnost situace, ale současně zažil i mimořádnou duchovní zkušenost. „Když vzrůstalo temno pohrom (roku 1623), a jak se zdálo, nezbývala žádná naděje na lidskou pomoc nebo radu, jsa zmítán nepopsatelnými úzkostmi a pokušeními, uprostřed noci (kterou jsem již po několika předešlých trávil bez spánku) byl jsem zachvácen neobyčejnou horečkou, volal k Bohu, vyskočil s lože, chopil se bible a modlil, aby nestačí-li útěcha lidská, neopouštěl mne svým nitrem Bůh. Zprvu jsem připadl na Izaiáše, a když jsem se do něho s nářkem začetl, začal jsem pociťovati, jak se četbou můj smutek rozplývá“. Zde mluví Komenský o „noci“. Není to jen časový údaj, ale můžeme to chápat i tak, že se jedná svým způsobem o „temnou noc“, zážitek, s nímž se setkáváme u mystiků. „Temná noc“ je chápána jako poslední, bolestný rozchod s životem iluzí – odtržení já od světa dění, v němž jsou zakořeněny všechny jeho přirozené náklonnosti a touhy. A tím druhým důležitým rozpoznáním je, že Komenský byl osloven skrze Písmo svaté: „chopil se Bible“. Skrze Písmo svaté byl živým Božím hlasem osloven Augustin, Hus, Luther i další náboženské postavy dějin. Konkrétně Komenský četl ze Starého zákona verše z knihy proroka Izajáše. „Zprvu jsem připadl na Izaiáše, a když jsem se do něho s nářkem začetl, začal jsem pociťovati, jak se četbou můj smutek rozplývá.“ Ve spise „Truchlivý“ se vyskytují citace těchto míst z proroka Izajáše, která jsou vložena do úst samotného Krista: Iz 41,13-14.16.; Iz 44,22; Iz 46,4; Iz 47,6; Iz 54,7; Iz 57,16.18. Jsou to zřejmě ta místa, která Komenského povzbuzovala v jeho duchovním zápase. Komenský četl s vnitřním zaujetím starozákonní proroky a nacházel u nich, i v dalších knihách Bible, pro sebe hlubokou útěchu a velké povzbuzení, ale nejen pro sebe, ale i pro svoji zanikající církev a svůj zkoušený národ.
Komenský procházel duchovní zkušeností v čase zkoušek a utrpení. Jeho duchovní zkušenost se promítá do celého jeho pedagogického i všenápravného díla. Tímto překonáním hluboké temné noci světlem naděje dochází u Komenského k novému pozitivnímu vztahu ke světu, který je spatřován v Božím světle. Z tohoto světa nemá věřící křesťan utíkat, ale má v něm aktivně působit k jeho nápravě a obnově podle původního Bohem daného záměru a jím určeného posledního cíle celkové jednoty, pokoje a harmonie.
