Jak velký význam dával Jan Amos Komenský právě svobodě, dokládá i tento jeho výrok: „Svoboda, tvrdím, je nejskvělejší lidský statek, stvořená spolu s člověkem a od něho neodlučitelná, pokud není souzeno člověku zahynout.“ Pro svobodu náboženskou i politickou dokázal Komenský odejít ze své vlasti i do exilu. O svobodu se nasazoval svými diplomatickými kontakty a jednáním v zahraničí. A tuto svobodu jako „návrat věcí tvých, ó lidé český“ vložil do svého Kšaftu umírající matky Jednoty bratrské jako nadčasové proroctví posilující náš národ a vlast vždy v časech útlaku a období totalitních režimů.
S tématem svobody se setkáváme v Komenského spisech, zvláště v jeho monumentálním díle „Obecná porada o nápravě věcí lidských“, ale zmínky jsou i ve spise „Štěstí národa“ nebo v jeho spise ze závěru života „Jedno potřebné“ (Unum necessarium). Komenský byl teolog, věřící křesťan a náboženský myslitel, i když svým dílem zasahuje do řady oborů. V Obecné poradě v části Pansofie, když popisuje materiální svět, definuje člověka takto: „Člověk je živočich se svobodným jednáním určený k panování nad tvory a k věčnému společenství s věčným Stvořitelem.“ Podle Komenského charakterizuje člověka trojí: svobodné jednání, panování nad tvory a společenství s Bohem. „Panování nad tvory“, které vychází z Bible z 1. knihy Mojžíšovy zvané Genesis (Gn 1,26-27), je předmětem diskuse v rámci ekologie a je potřeba toto poslání člověka chápat jako správu a péči. Třetím znakem člověka je jeho přesah směrem k transcendentnu, biblicky viděno se jedná o naději věčného života ve spojení s Bohem. Nás v souvislosti s naším tématem zajímá ten první znak našeho lidství, a tím je svobodné jednání.
Bůh člověka podle Komenského obdaroval láskou ke svobodě. V tom spočívá jeho odlišnost od ostatních zvířat. Zvířata dospívají k určité volnosti, ale ne ke svobodě. Ta je dána jen člověku jako Božímu obrazu. Přesto zárodky svobody je možné spatřovat i u zvířat. Komenský to názorně dokládá: „Vždyť kůň vyhazuje jezdce, býk shazuje jařmo, ptáček opouští klec, v níž má předloženou potravu, a to všechno proto, aby byli volní.“ V člověku je touha po svobodě velmi silná, takže někteří hodnotu svobody předřadí před hodnotu vlastního života.
I tak vznešená a jedinečná hodnota, jako je svoboda, může být zneužita a zcela falešně pojata. Komenský říká: „Aby člověk mohl svobodně užívat vůli, dal Bůh člověku světlo rozumu jako rádce a svědomí jako strážce.“ Komenský uvádí citát řeckého filozofa Diogéna, že svobodný není ten, kdo mnoho potřebuje, kdo je lakomý a ctižádostivý nebo požitkář. Naprostá svoboda znamená nebýt ničím spoután a spočívá v ovládání sebe sama. Jako pedagog Komenský není tím, kdo prosazuje bezbřehou svobodu. V Pampedii říká: „Vhodným opatřením bude také krotit nevázanost neomezené svobody tím, že se zřídí rozumná hráze proti dychtivosti vůle do všeho se vrhat, aby jasně viděla, že se můžeme slepě řítit beze škody, a aby sama sebe krotila.“
Svoboda je podle Komenského jednou z důležitých podmínek všeobecné nápravy společnosti. Vyzývá: „Naprosto tedy musíme směřovat k tomu, aby se lidskému pokolení vrátila svoboda myšlenková, svoboda náboženská a svoboda občanská.“ I když hovořil ve své době, zní tento požadavek stále aktuálně. Stejně tak i jeho názor vyslovený také v Obecné poradě: „Neboť lidská přirozenost je stvořena svobodná a žádným způsobem nechce nebo se nemůže dát nutit bez újmy na sobě samé. Je stvořena k plné rovnosti se svým bližním, stejně svobodným ve všem.“ Ve spise „Štěstí národa“ zahrnuje svobodu mezi 18 znaků, kterými se projevuje požehnaný a šťastný národ.
I když Komenský tolik zdůrazňuje svobodnou vůli člověka a svobodu jako výsostnou hodnotu, nikdy nechápe člověka jako bytost autonomní a individualistickou. Člověk je součástí plánu Božího stvoření jako celku a má se na něm aktivně podílet ve spolupráci s Bohem. Není sám autorem plánu celého světa, ale má se podílet na jeho naplnění a dotvoření.
Hluboký respekt Komenského ke svobodě a svobodné vůli člověka se projevuje i v jeho pedagogice a plánu projektu univerzální všenápravy, tzv. poslední reformace. Cesta k výchově člověka i k nápravě lidstva má být nenásilná. V Didaktice píše: „Nemáme-li způsoby, jak navnadit mysl odbornými prostředky, násilí užijeme jistě nadarmo. Rány a bytí nepomohou pranic vštípit do hlavy lásku k vědění, avšak dovedou způsobovat nechuť a nenávist k němu.“
Pro Komenského pojetí univerzální reformace – všenápravy je charakteristická cesta nenásilí, jak je to vyjádřeno v jeho hesle: „Všechno ať samo plyne, ať ve věcech násilnost není“ (Omnia sponte fluant, absit violentia rebus).
Podle Jana Hellera je toto heslo vyznáním Komenského jak teologicky, tak filozoficky, ale i pedagogicky. Teologicky v tom, že Bůh je láska a všechno násilí je od Zlého. Filozoficky tak, že pravda se prosazuje vlastní vahou, ne vnější silou. Pedagogicky tím, že účinné jsou jen nenásilné metody, mnohdy spontánního postupu a přirozeného růstu bez donucování. Člověk nesmí být donucován, ale musí se vyvíjet svobodně „přirozeně“ a svobodně milovat řád. Cestou k tomu je výchova a vyučování, které znamenají vést. O způsobu vedení se Komenský vyslovuje takto: „Vést značí činnost mírnou, nikoli násilnou, milou, nikoli odpornou. Koho si přeji vést, toho přece ani nepoháním, ani neodstrkuji, ani nesrážím k zemi, ani násilně neodvlékám, nýbrž jej vedu za ruku a šetrně provázím, nebo kráčeje před ním po volné cestě lákám jej, aby mě následoval.“
